Агентам ФБР - Фоксу Малдеру и Дане Скалли поручают работу в специальном архивном отделе под названием - «Секретные материалы», в котором хранятся нераскрытые дела, связанные с паранормальными явлениями. Агент Скалли - скептик, объясняющая все сверхъестественные явления логическими и научными заключениями. Её полная противоположность агент Малдер, который твердо верит в существование инопланетных жизней и прочих сверхъестественных существ. Несмотря на разногласия, расследование дел объединило двух спецагентов, и вскоре их отношения стали дружескими, а позже переросли в романтические.